В 1/32 финала российский клуб по сумме двух матчей прошел датский "Наествед" (3:1 дома и 0:0 в гостях), а уже в 1/16 финала "Зениту" противостоял пятый на тот момент клуб бундеслиги "Штутгарт". 18 октября 1989 года на Стадионе имени Кирова питерцы уступили немецким гостям со счетом 0:1. Единственный мяч на 89-й минуте встречи провел Карл Аллгевер.

Ответный матч проходил в Штутгарте 1 ноября того же года и российский клуб был разгромлен немцами со счетом 5:0. Голами отметились Фритц Вальтер, Карл Аллгевер, Гвидо Бухвальд и дважды Асгейр Сигурвинссон.

Стоит отметить, что в том же турнире "Спартак" встречался с "Кельном" и также проиграл по сумме двух матчей, а в полуфинале Кубка УЕФА того сезона сразу две немецких команды (все тот же "Кельн" и "Вердер") вышли в полуфинал, но уступили дорогу к трофею "Ювентусу" и "Фиорентине".